Faaborgstenen består af mellemkornet granit, der på afstand ser lys ud, men ved nærmere øjesyn, og specielt hvis du kommer lidt vand på, har den en rødgrå farve. De dominerende mineraler er rødlig kalifeldspat, hvidgul plagioklas og grå kvarts. Bjergarten indeholder en del mørke mineraler, der ses i gruber, fordi de forvitrer nemmere.
To forskellige strukturer tiltrækker sig opmærksomhed i den ellers homogene granit.
Mest iøjnefaldende er de røde bånd, der strækker sig over stenen på kryds og tværs som motorveje med midterrabat. De er fem til femten centimeter brede, og i midten ses en sprække. Rødfarvningen langs sprækkerne skyldes, at meget varmt vand er strømmet gennem og har forårsaget omdannelser og iltning af jern. Sprækkerne opstod på et tidspunkt, da granitten i grundfjeldet kom tættere på overfladen og trykaflastedes, i takt med at overliggende fjeld forvitrede væk over millioner af år.
Rødfarvningen langs sprækkerne skyldes, at meget varmt vand er strømmet gennem og har forårsaget omdannelser og iltning af jern. Sprækkerne opstod på et tidspunkt, da granitten i grundfjeldet kom tættere på overfladen og trykaflastedes, i takt med at overliggende fjeld forvitrede væk over millioner af år.
Udover striber har stenen også prikker. Rundt omkring ses indeslutninger af en mørkere bjergart i størrelsesordenen bordtennisbolde og tennisbolde. De optræder som rosiner i en bolledej. Da granitten var flydende og fyldte et magmakammer, smeltede granitlegemet sig op gennem jordskorpen. På sin vej tog det stumper med sig af det omkringliggende grundfjeld. Hvis de medrevne stumper ikke nåede at smelte, før granitten kølede af og størknede, kom stumperne til at indgå som små fremmedlegemer af ældre bjergart. Sådanne ældre indeslutninger kaldes xenolither.
To isfremstød dækkede Fyn i slutningen af sidste istid. Indlandsisen kom dels fra nordøst fra Sydsverige og senere fra sydøst gennem Østersølavningen. Det er derfor mest sandsynligt, at Faaborgstenen stammer fra det sydsvenske grundfjeld.
Faaborgs kæmpesten minder på flere måder om Galgebakkestenen i Albertslund ved København. Ikke kun hvad angår geologisk historie, men også dens nutidige historie, hvor vejen til berømmelse begynder, da den ligger i vejen for et byggeri.