Sermeq Kujalleq er en flod af opsprækket is. Dræningsområdet, som føder Sermeq Kujalleq, anslås til at være 6,5 procent af Indlandsisens areal, svarende til 110.000 kvadratkilometer.
Isstrømmen ligger i et smalt og dybt trug med en bredde på 3-6 kilometer. Truget kan følges fra den nuværende gletsjerfront indtil omkring 80 kilometer inde på isdækket. Ved en højde på 1350-1400 meter over havet splittes isstrømmen op i tre grene, som gradvist forsvinder i isdækkets almindelige overflade.
Når man følger isstrømmens forløb nedad, er overfladen relativt glat indtil 50 kilometer fra gletsjerfronten, hvor den gradvist bliver mere og mere opsprækket, og søer og vandfyldte spalter forsvinder. Isstrømmen har skarpe grænser til den mindre opsprækkede omgivende is. Hovedstrømmens randnære spaltezone strækker sig fem kilometer eller mere til hver side af isstrømmen. Omkring 45 kilometer inde i landet viser spalterne og flydelinjemønstret, hvordan den omgivende, roligt flydende is afbøjes mod isstrømmen i et tragtformet bevægelsesmønster.
Før gletsjerfronten trak sig voldsomt tilbage i 2002, flød en mindre isstrøm ind i Sermeq Kujalleq ti kilometer bag gletsjerfronten. Den nordlige sidegren var adskilt fra hovedstrømmen ved en isbule, der sandsynligvis hvilede på den centrale del af en tærskel under isen, som måske har bestemt den langvarige og stabile beliggenhed af gletsjerfronten siden 1950'erne.
Vi har i dag en rimelig god idé om topografien under og nær isstrømmen, der ligger i et meget dybt trug. Isstrømmen er 1,9 kilometer tyk oven for grundingslinjen – grænsen mellem is på land og flydende is i fjorden – og isoverfladen befinder sig her 400 meter over havet.
40 kilometer bag grundingslinjen er isstrømmen 2,5 kilometer tyk. Her er isens overflade 1 kilometer over havniveau, og trugets bund ligger således 1,5 kilometer under havets overflade. 50 kilometer øst for grundingslinjen flader truget gradvist ud. Radarprofiler 120 kilometer øst for grundingslinjen viser ikke dybe trug under isen.