Bertel Haarder gik endnu videre og udtalte til medierne, at sektorforskningen efter hans opfattelse slet ikke skulle beskæftige sig med forskning, men udelukkende tage sig af dataindsamling, kortlægning og overvågning og overlade selve forskningen og rådgivningen til universiteterne.
Problemet var imidlertid, at universiteterne ikke altid var interesserede i at udnytte de data, som sektorforskningen producerede. Så hvis det blev overladt helt til universiteterne at udnytte disse data i forskning, ville ministerierne ikke kunne regne med at få den rådgivning, de havde brug for.
Det ville kræve, at man indførte en ny form for ledelse af universiteterne, hvor for eksempel en minister kunne beordre, at et bestemt forskningsprojekt blev gennemført. Og så ville man komme i konflikt med universiteternes ret til selvstyre.
I den følgende tid bølgede diskussionen frem og tilbage mellem politikerne og det forskningsrådgivende system, indtil regeringen ledet af Poul Schlüter i 1986 besluttede at oprette uafhængige bestyrelser for de fleste sektorforskningsinstitutioner.