Mange steder var der sammenfald mellem indvindings- og beskyttelsesinteresser. Det gjaldt for eksempel sten- og grusrev, som var vigtige for fiskeyngel, og de efterhånden mange områder, der var udlagt som fuglebeskyttelsesområder under den internationale konvention Ramsar. Fredningsstyrelsen ønskede derfor at have direkte hånd i hanke med råstofindvindingen ved at stå for kortlægningen selv.
Beslutningen var en torn i øjet på DGU, som dog måtte erkende, at råstofferne havde været stedmoderligt behandlet i årene, hvor man havde satset hårdt på grundvands- og olieopgaverne.
Der var ikke megen trøst at hente i, at en DGU-medarbejder, Erik Stenestad, blev hentet til Fredningsstyrelsen for at stå i spidsen for kortlægningen.
Senere, under flere runder med strukturovervejelser, forsøgte Miljøministeriets departementschef Holger Lavesen at flytte havbundsundersøgelsen tilbage til DGU, hvor den fagligt hørte hjemme.
Det blev imidlertid imødegået kraftigt af Fredningsstyrelsens direktør Viggo Nielsen. Hans argument var, at råstofsagen risikerede igen at blive nedprioriteret i konkurrencen med grundvands- og olieopgaverne.
Desuden fremførte Viggo Nielsen den pointe, at DGU ikke havde det store engagement i fredningssagen og bevarelsen af landskabets og druknede bopladsers kulturværdier. Umiddelbart før sin pensionering i 1983 støttede DGU-direktør Ole Berthelsen i øvrigt Viggo Nielsen i disse synspunkter.
Først da Leo Bjørnskov blev direktør for den sammenlagte frednings- og skovstyrelse (Skov- og Naturstyrelsen, SNS), fik Miljøministeriet en mere dybtgående diskussion.
Resultatet blev, at man i 1990 fordelte opgaverne naturligt – nemlig at DGU stod for det geologiske, mens styrelsen tog sig af det administrative.
Skov- og Naturstyrelsens maringeologer blev overført til DGU, mens de årlige opgørelser af gravemængderne samt opkrævningen af råstofafgiften, der siden statsgeolog Erik Hellers dage havde ligget i DGU’s råstofafdeling, blev overført til Skov- og Naturstyrelsen. Alt i alt en noget mere naturlig opgavefordeling.
Læs også Maringeologien vender hjem